bioinformatics

Using AlphaFold at UGA

At UGA you can run AlphaFold on two platforms, GACRC and COLAB. The code on GACRC might be closer to the original one released by Deepmind. The COLAB one made the ‘sequence alignment’ step quicker with potentially reduced accuracy. The good news is that the results from both of them look the same to my eyes. After getting the results, just use software like PyMol to open the .pdb file to visualize the 3D model....

RNA-Sick@Day14 > 檢定只是裝飾而已，上面的大人物是不會懂的｜篩選表現量有顯著差異的基因 feat. edgeR

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10222248) 超級比一比之 CPM, FPKM, TPM RNA-Seq 的主要目的之一就是找到試驗設計處理組間的差異表現基因 (Differential Expression Genes, DEG)，這些基因之所以差異表...

RNA-Sick@Day13 > 萬物皆虛，萬事皆允｜不用 alignment 推估表現量 feat. kallisto

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10222244) 放棄比對的話，新世界的大門就開啟囉想知道手邊的兩條序列有多像，最直觀的方式就是把他們排在一起比一比。但是排列...

RNA-Sick@Day12 > 路遙知馬力，日久見人心｜用燕尾服套裝將序列比對到參考對象上 feat. Bowtie2

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10221594) 燕尾服套裝軟體取名的惡趣味總讓我想到黑暗大法師 RNA-Seq 主要目的之一就是推估樣本中轉錄產物豐富度，這個過程可以分成短...

RNA-Sick@Day11 > 轉錄體補完計畫｜比對線上資料庫註解序列 feat. Trinotate

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10221160) 代號之卷 (Component, Gene, Isoform) 新組裝轉錄體後，會產出一個 Trinity.fasta 的序列檔案，其中包含所有可能的轉錄產物 isoform，以下是針對序...

RNA-Sick@Day10 > 我來組成頭部｜把短片段序列組裝成轉錄體 feat. Trinity

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10220238) 神奇的轉錄體拼圖透過 RNA-Seq 進行轉錄體分析，比起使用微陣列晶片 (microarray) 偵測起基因表現量/轉錄產物量 (transcript level)，除了背...

RNA-Sick@Day9 > 斷開序列，斷開一切的牽連｜把品質不佳的序列剔除掉 feat. Trimmomatic

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10219913) 自動修剪機，修鹼基 fastq 檔案中存放的資料包括序列及其對應的品質，雙端定序的結果分別存放在結尾標記 -1 和 -2 的檔案中。...

RNA-Sick@Day8 > Raw Data 是什麼，能吃嗎？｜一鍵了解序列品質 feat. FastQC

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10219591) 進入轉錄體流程篇已經寫完了奠定基礎功的七篇，第八天開始就會是基礎分析流程之工具使用。想當初我剛開始進行碩論中...

RNA-Sick@Day7 > 我相信自由自在，我詳細希望｜下載 NCBI 上的原始序列 feat. SRA Toolkit (下)

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10218998) 找尋香蕉抗病秘方之前情提要為了讓農民更開心、健康地生產香蕉，挑戰者要找到相關的文獻，了解香蕉被有益微生物感染...

RNA-Sick@Day6 > 我相信自由自在，我詳細希望｜下載 NCBI 上的原始序列 feat. SRA Toolkit (上)

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10218654) 每次追動畫最不想看到的就是混時間的總集篇但是該省的經費還是要省，讓我們來看看已經學過了什麼吧！ (截圖來自動畫...

RNA-Sick@Day5 > 原來是純文字編輯器啊，我還以為是整合式開發環境呢｜準備一個喜歡的打字所在 feat. Atom

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10217983) 英雄需要披風，搞資訊的人需要一個自己喜歡的純文字編輯環境有一幕令我印象十分深刻，非常用功的專題生把該搜集的序...

RNA-Sick@Day4 > 我們凡事求一個圓｜第一次執行 Python 腳本就來算圓周率吧 feat. Jupyter Notebook

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10217180) 在夏末的傍晚，突然想用電腦算個圓周率說算就算，原理什麼的先不管～我們在上一篇中已經安裝好 Anaconda 了，好想趕快寫點 python...

RNA-Sick@Day3 > 小孩子才要做選擇，我全都要｜入門生物資訊該學什麼語言呢 feat. Anaconda

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10217036) 勇者您好，請選擇初始職業與裝備這篇繼續進行啟程前的準備，雖然我在引言中強調過不見得要寫程式，只要執行現成的程...