PhD 是一趟主動學習的旅程，對我來說除了獲取知識以外，情勢視讀與決策能力更是我希望能成長的方向，過程中的每件小事細品都有啟示
January：在前輩 PI 的實驗室當自己的 PI
經過前一個學期的實驗室輪替 (rotation)，2021 一月正式加入實驗室了。實驗室輪替期間，我分別嘗試了轉錄體分析、深度學習套件容器化、以及花生根部影像處理有關的小專題。經過深思熟慮後，我選擇回到第一間實驗室，繼續專注在木本植物基因體與轉錄體的生物資訊研究，但重拾題目的第一個月工作效率意外地相當差。
自己的研究主題以外，我也有一些實驗室內的旁支專題 (side project) 可以進行來獲得成為共同作者的機會。剛好這個旁支專題是基因家族分類與分析，之前就有點相關經驗因此壓力不大，沒想到我反而做得一塌糊塗。過程中我想要將我用最新版本基因體篩選的結果跟舊版的基因體篩選的結果相比較，數字始終對不上，這其實根本不是個大問題我卻卡在調整我自己的篩選條件與軟體參數上好久。新版的基因體就是因為品質提升才會被定做新的版本，篩選標準也會隨著資料庫中其他物種參考序列的補完調整。其中我要指定序列上的蛋白質功能區段註解的時候，分別使用了 bit score, length 等等數值來篩選，卻忘記 BLAST 最根本的 e-value 就是綜合考量之後計算出來的數值。因為這些失誤，我不斷在第一步的篩選階段打轉，甚至影響了我自己的主要題目的進展。
我覺得讀博士最重要應該要追求的想法是『獨立』，雖然在學術環境中大家都有年紀、職等、領域、經驗的差異，但其實在最新的題目上只有自己最清楚自己的題目。我會出現上述的問題就是因為思想困於交辦事項的框架，拿到一個旁支專題覺得新奇有趣，卻在潛意識中將相關工作設定成這是一個替他人做的項目，思想就鑽起牛角尖。另一點還可以改善的方法在於漸進式的修正方向，提前想像預期成果以決定下一步，就像是電腦晶片的分支預測 (branch prediction)。畢竟每次進行全基因體的序列分析運算其實都需要一段時間，等待的過程足以準備下一階段所需要用到的軟體，或是用來進行常規的資料整理跟腳本歸檔。
February：基礎架構對事物影響至深，誤踩陷阱也要記得設停損點
隨著研究主題步上軌道，我需要用不同的工具預測蛋白質的胺基酸序列，指導教授希望看到 CCTOP 的分析，便於篩選具有跨膜蛋白的候選基因。我隨即嘗試在學校的高效電腦嘗試安裝 CCTOP，發現超乎我的能力後便改請管理員安裝。沒想到安裝這套軟體不只需要自行編譯，還有大量的其他軟體作為依賴套件要自行解決，個別軟體需要的資料庫分散在網路各處起碼 180 Gb 請使用者自行下載，設定檔案中也有一大串要自己更改路徑的指令。
經過與高校電腦管理員的多次通信往返後，我終於意識到應該要用其他的替代方案。每次管理員表示應該安裝好了之後，由我的帳號登入使用又需要再調整許多設定，也不確定到底是否朝向正確的方向改動。因此決定請管理員放棄安裝這套老舊的軟體，雖然管理員表示還是願意協助下去，但我覺得為了這個軟體付出的時間已經達到停損點，且下次挑選工具時最好要做多一點背景研究，確認該工具開發時是否有將易於安裝與可重複性納入考量，根本架構的影響真的很巨大。
後記：CCTOP 的最佳使用方式是用他們的網頁版介面，如果需要處理大量資料，自行安裝的門檻非常高，使用 ‘direct interface’ 比較實際，頁面最下方有一個現成的 python2 腳本，找一台有穩定網路可以長時間開機的電腦用官方提供的腳本提交需要分析的序列慢慢等結果。
March：Science Communication 的獎學金，金錢以外的附加效應更有價值
UGA 的 graduate school 有提供一些小額獎學金協助學生的暑假研究，有針對研究、旅行、與溝通經費的補貼，金額大約一兩千美金，只能用在設備購買、營運經費等等非薪資的項目上，今年適逢疫情當然所有旅行有關的補貼都取消了。我心血來潮地寫了補助 Science communication 的獎學金 (Communication of Research and Scholarship)，畢竟我之前就有寫科普文章的經驗，這次則希望透過這個機會申請購買電腦跟相機來製作影片，一方面升級我那已經用很久的筆電，相機則希望可以用於之後的高通量表型或是基本地通用於其他實驗的紀錄。
之前在台灣就有不少申請獎項的經驗，但寫全英文的申請書還是第一次，幸好我們實驗室相當重視寫作，除了有共同的寫作時間，前輩們也都很願意協助修改我們這些非英語母語的人的文章。我基本上只是照著獎學金簡章的建議事項陳述就可以構築出一個相對周全的計畫書，大概結構如下：
說明傳播這項研究主題的重要性：我研究的孤兒基因是一個很少人涉足的問題，因為是一個困難的問題，讓更多人關注這個研究方向是件好事，這方面的研究將可以應用於解決某些其他問題
目標客群：尚未決定專業的大學生以及普遍熱愛知識的大眾
這次計畫的目標：透過有趣的影片來傳遞有關這個研究的知識與想法
打算如何達成這項目標：每個月釋出影片並透過社群網路與觀眾互動
以及如何評估執行的狀況：檢視網站上的流量與被搜尋的關鍵字
在來回修改申請書的過程中，原本想表達的意思其實也會被修改掉，但反而提供了我不同的思考角度，也剛好把我在計畫書中犯的一些老毛病解決掉。我容易困於細節中，或是太過強調某些技巧性的手段，除了讓計畫書變得難懂以外恐怕也讓人感到格局有限。後來順利拿到部分補助，因為購買個人筆電的部分難以符合規定地執行所以被刪減，只拿到了購買相機的部分，這其實也讓我認真地思考起要花多少精力在這項計畫的執行上。若換個角度來想，畢竟我以前也在做一樣的事情卻沒有收入，這次至少換到了可以列在履歷上的獎項跟一些小設備，製作影片帶來宣傳效果與未來可能的價值或許比起金錢更值得重視。