RNA-Sick@Day14 > 檢定只是裝飾而已，上面的大人物是不會懂的｜篩選表現量有顯著差異的基因 feat. edgeR
原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10222248) 超級比一比之 CPM, FPKM, TPM RNA-Seq 的主要目的之一就是找到試驗設計處理組間的差異表現基因 (Differential Expression Genes, DEG)，這些基因之所以差異表...
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RNA-Sick@Day13 > 萬物皆虛，萬事皆允｜不用 alignment 推估表現量 feat. kallisto
原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10222244) 放棄比對的話，新世界的大門就開啟囉 想知道手邊的兩條序列有多像，最直觀的方式就是把他們排在一起比一比。但是排列...
RNA-Sick@Day12 > 路遙知馬力，日久見人心｜用燕尾服套裝將序列比對到參考對象上 feat. Bowtie2
原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10221594) 燕尾服套裝軟體取名的惡趣味總讓我想到黑暗大法師 RNA-Seq 主要目的之一就是推估樣本中轉錄產物豐富度，這個過程可以分成 短...
RNA-Sick@Day11 > 轉錄體補完計畫｜比對線上資料庫註解序列 feat. Trinotate
原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10221160) 代號之卷 (Component, Gene, Isoform) 新組裝轉錄體後，會產出一個 Trinity.fasta 的序列檔案，其中包含所有可能的轉錄產物 isoform，以下是針對序...
RNA-Sick@Day10 > 我來組成頭部｜把短片段序列組裝成轉錄體 feat. Trinity
原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10220238) 神奇的轉錄體拼圖 透過 RNA-Seq 進行轉錄體分析，比起使用微陣列晶片 (microarray) 偵測起基因表現量/轉錄產物量 (transcript level)，除了背...
RNA-Sick@Day9 > 斷開序列，斷開一切的牽連｜把品質不佳的序列剔除掉 feat. Trimmomatic
原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10219913) 自動修剪機，修鹼基 fastq 檔案中存放的資料包括序列及其對應的品質，雙端定序的結果分別存放在結尾標記 -1 和 -2 的檔案中。...
RNA-Sick@Day8 > Raw Data 是什麼，能吃嗎？｜ 一鍵了解序列品質 feat. FastQC
原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10219591) 進入轉錄體流程篇 已經寫完了奠定基礎功的七篇，第八天開始就會是基礎分析流程之工具使用。想當初我剛開始進行碩論中...
RNA-Sick@Day7 > 我相信自由自在，我詳細希望｜下載 NCBI 上的原始序列 feat. SRA Toolkit (下)
原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10218998) 找尋香蕉抗病秘方之前情提要 為了讓農民更開心、健康地生產香蕉，挑戰者要找到相關的文獻，了解香蕉被有益微生物感染...
RNA-Sick@Day6 > 我相信自由自在，我詳細希望｜下載 NCBI 上的原始序列 feat. SRA Toolkit (上)
原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10218654) 每次追動畫最不想看到的就是混時間的總集篇 但是該省的經費還是要省，讓我們來看看已經學過了什麼吧！ (截圖來自動畫...
RNA-Sick@Day5 > 原來是純文字編輯器啊，我還以為是整合式開發環境呢｜準備一個喜歡的打字所在 feat. Atom
原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10217983) 英雄需要披風，搞資訊的人需要一個自己喜歡的純文字編輯環境 有一幕令我印象十分深刻，非常用功的專題生把該搜集的序...
RNA-Sick@Day4 > 我們凡事求一個圓｜第一次執行 Python 腳本就來算圓周率吧 feat. Jupyter Notebook
原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10217180) 在夏末的傍晚，突然想用電腦算個圓周率 說算就算，原理什麼的先不管～我們在上一篇中已經安裝好 Anaconda 了，好想趕快寫點 python...
RNA-Sick@Day3 > 小孩子才要做選擇，我全都要｜入門生物資訊該學什麼語言呢 feat. Anaconda
原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10217036) 勇者您好，請選擇初始職業與裝備 這篇繼續進行啟程前的準備，雖然我在引言中強調過不見得要寫程式，只要執行現成的程...
RNA-Sick@Day2 > 一旦接受了這種設定，操作起電腦還是挺帶感的嘛｜像個駭客一樣用電腦 feat. Terminal (終端機)
原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10216613) 喜歡打字嗎？那你先不要用滑鼠 有一個關於生物資訊的謠言，就是一定要在 Unix-like 作業系統上面分析，而且要用純文字的方式輸...