leetcode everyday note taking

My frustration and ugly codes Being a bioinformatic student, I have no problem using other people’s software and plug in required data. I can also interpret data correctly for most of the cases. However, I am always nervous about not having a really solid training in quantitative skills. This is making me replaceble. It is easy to teach a software engineer biology knowledge but it is far more harder to...

July 1, 2021 · 9 min · Chen Hsieh
from Aeon Flux

[PhD Journey] 2021 Q1

PhD 是一趟主動學習的旅程,對我來說除了獲取知識以外,情勢視讀與決策能力更是我希望能成長的方向,過程中的每件小事細品都有啟示 January:在前...

April 1, 2021 · 5 min · Chen Hsieh

How I get an idea of a new research topic

It’s really easy to get side-projects as a bioinformatic student. Although it is exciting to have a side-project to work on for the possibility of co-authorship or any possible reward, it is more important to be reallistic on the time commitment. Increasing the efficiency of the learning process is the topic I am currently focusing on. Especially when dabbling into a new realm of research topic, I always ended up with a lot of browser tabs without really getting the idea....

March 7, 2021 · 4 min · Chen Hsieh

2021 新展望: Seeking of Best Practice

I have been feeling I rely on luck for a long time. I do not have a real established routine. I am abusing little tricks to have little win. Even the little wins are not real wins, they are just acceptable result to be honest. ...

January 3, 2021 · 2 min · Chen Hsieh

RNA-Sick@Day12 > 路遙知馬力,日久見人心|用燕尾服套裝將序列比對到參考對象上 feat. Bowtie2

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10221594) 燕尾服套裝軟體取名的惡趣味總讓我想到黑暗大法師 RNA-Seq 主要目的之一就是推估樣本中轉錄產物豐富度,這個過程可以分成 短...

September 27, 2019 · 4 min · Chen Hsieh

RNA-Sick@Day11 > 轉錄體補完計畫|比對線上資料庫註解序列 feat. Trinotate

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10221160) 代號之卷 (Component, Gene, Isoform) 新組裝轉錄體後,會產出一個 Trinity.fasta 的序列檔案,其中包含所有可能的轉錄產物 isoform,以下是針對序...

September 26, 2019 · 2 min · Chen Hsieh

RNA-Sick@Day10 > 我來組成頭部|把短片段序列組裝成轉錄體 feat. Trinity

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10220238) 神奇的轉錄體拼圖 透過 RNA-Seq 進行轉錄體分析,比起使用微陣列晶片 (microarray) 偵測起基因表現量/轉錄產物量 (transcript level),除了背...

September 25, 2019 · 3 min · Chen Hsieh

RNA-Sick@Day9 > 斷開序列,斷開一切的牽連|把品質不佳的序列剔除掉 feat. Trimmomatic

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10219913) 自動修剪機,修鹼基 fastq 檔案中存放的資料包括序列及其對應的品質,雙端定序的結果分別存放在結尾標記 -1 和 -2 的檔案中。...

September 24, 2019 · 2 min · Chen Hsieh

RNA-Sick@Day8 > Raw Data 是什麼,能吃嗎?| 一鍵了解序列品質 feat. FastQC

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10219591) 進入轉錄體流程篇 已經寫完了奠定基礎功的七篇,第八天開始就會是基礎分析流程之工具使用。想當初我剛開始進行碩論中...

September 23, 2019 · 3 min · Chen Hsieh

RNA-Sick@Day7 > 我相信自由自在,我詳細希望|下載 NCBI 上的原始序列 feat. SRA Toolkit (下)

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10218998) 找尋香蕉抗病秘方之前情提要 為了讓農民更開心、健康地生產香蕉,挑戰者要找到相關的文獻,了解香蕉被有益微生物感染...

September 22, 2019 · 3 min · Chen Hsieh

RNA-Sick@Day6 > 我相信自由自在,我詳細希望|下載 NCBI 上的原始序列 feat. SRA Toolkit (上)

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10218654) 每次追動畫最不想看到的就是混時間的總集篇 但是該省的經費還是要省,讓我們來看看已經學過了什麼吧! (截圖來自動畫...

September 21, 2019 · 3 min · Chen Hsieh

RNA-Sick@Day5 > 原來是純文字編輯器啊,我還以為是整合式開發環境呢|準備一個喜歡的打字所在 feat. Atom

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10217983) 英雄需要披風,搞資訊的人需要一個自己喜歡的純文字編輯環境 有一幕令我印象十分深刻,非常用功的專題生把該搜集的序...

September 20, 2019 · 3 min · Chen Hsieh

RNA-Sick@Day4 > 我們凡事求一個圓|第一次執行 Python 腳本就來算圓周率吧 feat. Jupyter Notebook

原文發表於第 11 屆 iT 邦幫忙鐵人賽 (https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10217180) 在夏末的傍晚,突然想用電腦算個圓周率 說算就算,原理什麼的先不管~我們在上一篇中已經安裝好 Anaconda 了,好想趕快寫點 python...

September 19, 2019 · 3 min · Chen Hsieh